Участие и пособничество в деятельности организованного преступного сообщества, созданного с целью систематического совершения особо опасных преступлений, направленных против основ конституционного строя и безопасности государства, государственной власти и интересов государственной службы, правосудия, а также против мира и безопасности.

Будучи вице-премьером (2013–2020 гг.), Юрий Трутнев прославился как самый богатый член правительства. В 2017 году его доход составлял 377 млн рублей, в 2018 году — 538 млн рублей. По информации из открытых источников, важным звеном неформальных доходов Юрия Трутнева является алмазная корпорация «Алроса», которую он курирует. Источники Forbes в «Алросе» убеждены, что Трутнев имеет «наивысшее влияние» на компанию. Каждую неделю — президент «Алросы» Андрей Жарков, докладывает Трутневу о состоянии дел. 

СМИ сообщали о конфликте Юрия Трутнева с Олегом Чиркуновым (его коллегой по комсомольской работе и выпускником Высшей школы КГБ). Сообщалось, что Трутнев продвигал интересы «Уралкалия» Дмитрия Рыболовлева (с которым его связывают давние отношения), что, в свою очередь, не находило одобрения Чиркунова, который занимал пост губернатора Пермского края в 2005–2012 гг. Конфликт обострился в 2007 году из-за технической аварии в шахте «Уралкалия» в городе Березники, где произошел обвал грунта. Чиркунов стал настаивать на техногенных причинах катастрофы, практически прямо заявляя о вине Трутнева в этой ситуации. Последний, в свою очередь, сумел возглавить правительственную комиссию по ликвидации последствий, хотя изначально решением данной задачи должен был заняться тогдашний министр чрезвычайных происшествий Сергей Шойгу. 

В действиях Трутнева Юрия Петровича могут содержаться признаки следующих составов преступлений, предусмотренных УК РФ:

— Ст. 210 УК РФ «Организация преступного сообщества (преступной организации) или участие в нем (ней)», то есть участие в деятельности преступного сообщества, созданного с целью насильственного незаконного удержания власти вопреки требованиям Конституции РФ, и систематического совершения других преступлений против власти, правосудия, интересов службы и мира.

— Ст. 293 УК РФ «Халатность», то есть неисполнение или ненадлежащее исполнение должностным лицом своих обязанностей вследствие недобросовестного или небрежного отношения к службе либо обязанностей по должности, если это повлекло причинение крупного ущерба или существенное нарушение прав и законных интересов граждан или организаций либо охраняемых законом интересов общества или государства.