Участие и пособничество в деятельности организованного преступного сообщества, созданного с целью систематического совершения особо опасных преступлений, направленных против основ конституционного строя и безопасности государства, государственной власти и интересов государственной службы, правосудия, а также против мира и безопасности. 

С именем Сергея Кравцова связано закрытие более 1 000 вузов Москвы, из-за формального несоответствия стандартам. «Известия» сообщали, что Рособрнадзор (которым Кравцов руководил с 3013 по 2020 год) предлагал вузам решить проблемы с аккредитацией за определенную сумму, при этом отказавшимся угрожали большими проблемами. Московская академия экономики и права в суде доказала незаконность проверки Рособрнадзора. Так, суд пришел к выводу, что «проверка проведена с грубыми нарушениями требований законодательства»: «осуществлена без предусмотренных законом оснований»; «доказательств согласования проверки с органом прокуратуры ответчиком не представлено»; а также на «проведение внеплановой выездной проверки была управомочена комиссия в незаконном субъектном составе». В то же время, к примеру, МАБиУ был закрыт по итогам непройденной аккредитации еще до того, как аккредитация была объявлена.

Также было выявлено, что Кравцов допустил в своей диссертации плагиат и, таким образом, получил ученую степень на незаконном основании.

В действиях Кравцова Сергея Сергеевича могут содержаться признаки следующих составов преступлений, предусмотренных УК РФ:

— Ст. 210 УК РФ «Организация преступного сообщества (преступной организации) или участие в нем (ней)», то есть участие в деятельности преступного сообщества, созданного с целью насильственного незаконного удержания власти вопреки требованиям Конституции РФ, и систематического совершения других преступлений против власти, правосудия, интересов службы и мира.

— Ст. 285 УК РФ «Злоупотребление должностными полномочиями» то есть использование должностным лицом своих служебных полномочий вопреки интересам службы и с корыстной или иной личной заинтересованностью.