Участие и пособничество в деятельности организованного преступного сообщества, созданного с целью систематического совершения особо опасных преступлений, направленных против основ конституционного строя и безопасности государства, государственной власти и интересов государственной службы, правосудия, а также против мира и безопасности.

Михаил Фрадков мог быть причастен к нецелевому расходованию, а также присвоению и растрате бюджетных средств. В 1995 году в ходе проверки Минфин обнаружил растрату бюджетных средств в Министерстве внешнеэкономических связей. Согласно информации газеты «Известия», в 1994 году сумма растраты составила около 4,9 млрд рублей, при этом средства пошли на покупку элитной недвижимости для руководителей министерства и их премии. Бюджетными средствами распоряжался как министр ВМЭСа Олег Давыдов, так и его первый заместитель Михаил Фрадков. По утверждению СМИ, в то время Фрадков строил дом на Рублево-Успенском шоссе и этими средствами оплачивал ремонтные работы. В ходе расследования на счетах Фрадкова было обнаружено около 150 млн рублей.

На основании публикаций в российских СМИ Фрадков подозревается в халатном исполнении служебных обязанностей. Будучи главой СВР Михаил Фрадков стал самым неэффективным директором внешней разведки в России. Так, в 2015 году на территории США был разоблачен россиянин Евгений Буряков, подозреваемый в шпионаже в пользу России. В материалах СМИ также упоминаются работавшие под прикрытием сотрудники СВР РФ Спорышев и Подобный, которые обменивались информацией с Буряковым. В 2016 году в Риме был арестован российский агент СВР. В 2008 году первый замдиректора СВР Владимир Завершинский пытался передать письмо Дмитрию Медведеву, касающееся проблем в СВР из-за некомпетентности директора СВР Михаила Фрадкова. Однако письму не дали ход и Завершинский был переведен на пост помощника секретаря СБ РФ.

Михаил Фрадков может нести ответственность за рейдерский захват московского машиностроительного завода «Авангард». В 2016 году Фрадков был назначен председателем совета директоров оборонного концерна «Алмаз-Антей», а также главой Российского института стратегических исследований. По словам бывшего начальника службы безопасности «Авангарда» Максима Берга, Фрадков незаконно заменил нескольких топ-менеджеров завода на своих знакомых, а также изъял из прибыли завода 420 млн рублей.

В 2018 году было принято решение о назначении сына Михаила Фрадкова Петра руководителем Промсвязьбанка, обслуживающего гособоронзаказ и госконтракты. Согласно мнению опрошенных газетой «Ведомости» экспертов, занять позицию руководителя Петру Фрадкову также помогли родственные связи.

В действиях Михаила Фрадкова могут содержаться признаки следующих составов преступлений, предусмотренных УК РФ:

— Ст. 210 УК РФ «Организация преступного сообщества (преступной организации) или участие в нем (ней)», то есть участие в деятельности преступного сообщества, созданного с целью насильственного незаконного удержания власти вопреки требованиям Конституции РФ и систематического совершения других преступлений против власти, правосудия, интересов службы и мира.

— Ст. 353 УК РФ «Планирование, подготовка, развязывание и ведение агрессивной войны», в том числе осуществление агрессии в отношении Украины, а также необоснованное использование вооруженных сил Российской Федерации на территории других государств.

— Ст. 285.1. УК РФ «Нецелевое расходование бюджетных средств», то есть расходование бюджетных средств должностным лицом получателя бюджетных средств на цели, не соответствующие условиям их получения, определенным утвержденными бюджетом, бюджетной росписью, уведомлением о бюджетных ассигнованиях, сметой доходов и расходов либо иным документом, являющимся основанием для получения бюджетных средств, совершенное в крупном размере.

—  Ст. 158 УК РФ «Кража», то есть тайное хищение чужого имуществ; объект хищения — государственная собственность.

— Ст. 160 УК РФ «Присвоение или растрата», то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному.

— Ст. 293 УК РФ «Халатность», то есть неисполнение или ненадлежащее исполнение должностным лицом своих обязанностей вследствие недобросовестного или небрежного отношения к службе либо обязанностей по должности, если это повлекло причинение крупного ущерба или существенное нарушение прав и законных интересов граждан или организаций либо охраняемых законом интересов общества или государства.