Участие и пособничество в деятельности организованного преступного сообщества, созданного с целью систематического совершения особо опасных преступлений, направленных против основ конституционного строя и безопасности государства, государственной власти и интересов государственной службы, правосудия, а также против мира и безопасности.

Эдуард Худайнатов считается ближайшим соратником своего покровителя — главы «Роснефти» Игоря Сечина. 

В 2014 году, будучи владельцем ОАО «Независимой нефтегазовой компании» (далее — «ННК»), Худайнатов выкупил контрольный пакет акций (60%) компании Alliance Oil Company у бизнесмена Мусы Бажаева. Для приобретения доли компании Худайнатов взял кредит в ВТБ на сумму около $4 млрд, который он рефинансировал в 2019 году. РБК отмечает, что «дополнительных источников для погашения долга у бизнесмена пока нет, но он рассчитывает на господдержку и вхождение BP в свой проект в Арктике».

Известно, что в 2014 году Худайнатов также хотел захватить «Башнефть» Владимира Евтушенкова, но его сын, Феликс, отказал владельцу ННК в объединении активов. Позднее владелец АФК «Система» Евтушенков обратился в генпрокуратуру с просьбой защитить «Башнефть» от рейдерского захвата, после чего стало известно о том, что он попал под домашний арест якобы из-за хищения акций «Башнефти» и продажи их Башкирскому ТЭКу. Захватить активы «Башнефти» Эдуарду Худайнатову так и не удалось.

В 2003 году бывший заместитель председателя правления «Газпрома» Александр Рязанов назначил Худайнатова главой «Севернефтегазпрома». Вместе с Рязановым Худайнатов реализовал проект по обустройству Южно-Русского месторождения нефти. В 2009 году выяснилось, что затраты на него превысили затраты на все сопоставимые проекты практически в два раза, но политическая важность проекта заставила руководство закрыть на это глаза.

В 2010 году компания «Североргсинтез», являющаяся самым крупным активом ЗАО «Энерго-холдинга», отказалась выплачивать долг по кредиту латвийскому Parex banka (ныне Citadele) размером в $75 млн. Для того чтобы не возвращать кредит, было достаточно всего лишь ликвидировать компанию. Поручительство по кредиту подписывал руководитель компании «Севернефть» брат Эдуарда Худайнатова, Жан Худайнатов. «Севернефть» находилась под руководством последнего, а также сына Эдуарда Худайнатова — Алексея, который управлял ей через офшоры Soulstar Trading и Luteano Holdings.

В действиях Худайнатова Эдуарда Юрьевича могут содержаться признаки следующих составов преступлений, предусмотренных УК РФ:

— Ст. 210 УК РФ «Организация преступного сообщества (преступной организации) или участие в нем (ней)», то есть участие в деятельности преступного сообщества, созданного с целью насильственного незаконного удержания власти вопреки требованиям Конституции РФ, и систематического совершения других преступлений против власти, правосудия, интересов службы и мира.

— Ст. 158 УК РФ «Кража», то есть тайное хищение чужого имуществ. Объект хищения — государственная собственность.