Участие и пособничество в деятельности организованного преступного сообщества, созданного с целью систематического совершения особо опасных преступлений, направленных против основ конституционного строя и безопасности государства, государственной власти и интересов государственной службы, правосудия, а также против мира и безопасности.

Исходя из опубликованных ранее в СМИ материалов, подозревается в том, что, руководя ведомством, допускал пытки и похищения, применяемые сотрудниками ФСБ РФ в отношении подозреваемых. По информации «Радио Свобода», в марте 2018 года служащие ФСБ в Санкт-Петербурге пытали электрошокером и избили одного из задержанных антифашистов Виктора Филинкова. Сотрудники подтвердили факт ударов электрошокером, сославшись на то, что подозреваемый пытался бежать.   Девятнадцатилетний уроженец Украины Павел Гриб был арестован по обвинению в терроризме в Гомеле (Белоруссия), куда его обманным путем заманили сотрудники ФСБ. Позже Павла Гриба перевезли в СИЗО Краснодара, где ему должны предъявить обвинения по 205-й статье УК РФ.

На основании данных открытых источников Бортников подозревается в халатном исполнении служебных обязанностей. В 2017 году террорист-смертник Акбаржон Джалилов прошел с рюкзаком и сумкой через металлодетекторы в метро, у которых был отключен звук. Через полчаса на перегоне между станциями «Сенная площадь» и «Технологический институт» произошел взрыв, при котором пострадали 103 человека, включая 16 погибших. По информации газеты «Коммерсант», российские спецслужбы знали о планировании теракта.

Исходя из публикаций СМИ, можно предположить, что в действиях Бортникова имеются признаки неосновательного обогащения. Глава ФСБ владеет незадекларированной недвижимостью, стоимость которой в разы превышает его официальные доходы. Предположительно, Бортников не задекларировал 28 соток земли в районе Сестрорецка, рыночная стоимость которой может оцениваться в 300 млн рублей.

В действиях Александра Бортникова могут содержаться признаки следующих составов преступлений, предусмотренных УК РФ:

— Ст. 210 УК РФ «Организация преступного сообщества (преступной организации) или участие в нем (ней)», то есть участие в деятельности преступного сообщества, созданного с целью насильственного незаконного удержания власти вопреки требованиям Конституции РФ и систематического совершения других преступлений против власти, правосудия, интересов службы и мира.

— Ст. 117 УК РФ «Истязание», то есть причинение физических или психических страданий путем систематического нанесения побоев либо иными насильственными действиями.

— Ст. 302.2 УК РФ «Принуждение к даче показаний», то есть принуждение подозреваемого, обвиняемого, потерпевшего, свидетеля к даче показаний либо эксперта, специалиста к даче заключения или показаний путем применения угроз, шантажа или иных незаконных действий со стороны следователя или лица, производящего дознание, а равно другого лица с ведома или молчаливого согласия следователя или лица, производящего дознание, соединенное с применением насилия, издевательств или пытки.

— Ст. 293 УК РФ «Халатность», то есть неисполнение или ненадлежащее исполнение должностным лицом своих обязанностей вследствие недобросовестного или небрежного отношения к службе либо обязанностей по должности, если это повлекло причинение крупного ущерба или существенное нарушение прав и законных интересов граждан или организаций либо охраняемых законом интересов общества или государства.