Непосредственно участвует в принятии решений, касающихся внутренней политики РФ, ответствен за судебное производство по ряду резонансных дел. Подозревается в нарушении закона «О госслужбе» и предоставлении неполных сведений в антикоррупционной декларации.

По информации «Ленты.ру», в 2000 году Бастрыкиным была учреждена риэлтерская компания LAW Bohemia, расположенная в Праге. В 2001 году Александр Бастрыкин должен был отказаться от доли в частной компании в связи с назначением на должность руководителя Главного управления Минюста по Северо-Западному федеральному округу. По данным реестра, лишь в 2003 году Бастрыкин перестал числиться гендиректором. Кроме того, по меньшей мере до 2008 года Бастрыкин оставался совладельцем (50%) компании, что противоречит закону «О Госслужбе».

Согласно изданию «MK.ru», в Чехии у председателя Следственного комитета также есть три незадекларированные квартиры. Одна из них выступает в качестве юридического адреса, остальные — личная собственность семьи Бастрыкина.

Как следует из материалов уголовного дела, возбужденного прокуратурой Испании, Александр Бастрыкин получил свою должность при содействии «Малышевской» ОПГ, возглавляемой Геннадием Петровым. По данным следствия, Бастрыкин исполняет поручения группировки.

В 2011 году Алексей Навальный был обвинен в причинении имущественного ущерба путем обмана или злоупотребления доверием по делу «Кировлеса». Через год уголовное дело было приостановлено ввиду отсутствия состава преступления, однако летом 2012 года Навальному снова были предъявлены обвинения в организации растраты чужого имущества. В итоге оппозиционер получил условный срок.

В том же году СК возбудил еще одно дело в отношении Алексея Навального и его брата Олега. Инициатором уголовного преследования был гендиректор российского филиала «Ив Роше» Бруно Лепру, обвинивший братьев в мошенничестве и легализации средств на сумму в 55 млн рублей. В итоге Олега Навального приговорили к трем с половиной годам тюремного заключения, а Алексей Навальный получил условный срок.

В 2012 году акция протеста «Марш миллионов» закончилась задержаниями 400 человек и возбуждением 30 уголовных дел за призывы к массовым беспорядкам и применение насилия в отношении представителей власти. Большинство обвиняемых получили реальные уголовные сроки. Бастрыкин утверждал, что под сценой для выступающих на акции «лежали палатки и шины, как это было на Майдане».

В 2014 году Сергей Удальцов и Леонид Развозжаев были приговорены к 4,5 годам лишения свободы за организацию массовых беспорядков. Согласно «Радио Свобода», доказательная база обвинения со стороны СК была сформирована на основе документального фильма канала НТВ «Анатомия протеста 2».

В 2017 году Александр Бастрыкин был внесен в «список Магнитского» в США и в аналогичный санкционный список Великобритании. Бастрыкин также числится в украинском списке «Савченко» за причастность к задержанию Надежды Савченко в 2013 году.

В действиях Бастрыкина Александра Ивановича могут содержаться признаки следующих составов преступлений, предусмотренных УК РФ:

— Ст. 210 УК РФ «Организация преступного сообщества (преступной организации) или участие в нем (ней)», то есть участие в деятельности преступного сообщества, созданного с целью насильственного незаконного удержания власти вопреки требованиям Конституции РФ, и систематического совершения других преступлений против власти, правосудия, интересов службы и мира.

— Ст. 285 УК РФ «Злоупотребление должностными полномочиями», то есть использование должностным лицом своих служебных полномочий вопреки интересам службы и с корыстной или иной личной заинтересованностью.

— Ст. 299 УК РФ «Привлечение заведомо невиновного к уголовной ответственности или незаконное возбуждение уголовного дела», то есть незаконное возбуждение уголовного дела, если это деяние совершено в целях воспрепятствования предпринимательской деятельности либо из корыстной или иной личной заинтересованности и повлекло прекращение предпринимательской деятельности либо причинение крупного ущерба.