Участие и пособничество в деятельности организованного преступного сообщества, созданного с целью систематического совершения особо опасных преступлений, направленных против основ конституционного строя и безопасности государства, государственной власти и интересов государственной службы, правосудия, а также против мира и безопасности.

По данным СМИ, семья Хуснуллина владеет крупным строительным бизнесом и управляет портфелем земельных участков в Татарстане площадью почти 86 кв. км. Земля и недвижимость оформлены на три закрытых паевых фонда, среди пайщиков — дочь Хуснуллина Алина Киреева. Управляет фондами компания, единственный собственник которой — мать Хуснуллина 75-летняя Роза Хуснуллина, которая, предположительно, имеет гражданство Великобритании и работает вместе с зарубежными компаниями. Сам министр утверждает, что его мать «никогда никакими капиталами не владела». Из расследования Transparency International выяснилось, что в Татарстане родственники Хуснуллина контролировали многих господрядчиков через компанию «Авердикс», которой управляет британская Averdo Property Management Ltd.

После развода Лилии Хуснуллиной и Марата Хуснуллина, «Открытые медиа» сообщали, что, благодаря бывшему мужу, экс-супруга министра, помимо крупнейшего месторождения глины, владела 6 млн кв. метров земли, которые сдавала в аренду.

При нахождении Марата Хуснуллина в должности заместителя мэра Москвы было снесено более 200 исторических зданий и разорено множество озелененных зон, что нарушало генеральный план. 

По информации СМИ, Хуснуллин также мог быть причастен к махинациям при строительстве метрополитена. Так, например, он приводил на строительство в метро своих рабочих, которые обходились дешевле, лишая при этом работы людей, которые занимались метрополитеном раньше. В ходе конфликта с Хуснуллиным уволился директор «Мосметростроя» Евгений Кашин, который отказался строить станции по сниженным тарифам. 

В ходе расследования «Новой газеты» было выявлено, что с приходом на пост Хуснуллина, 46 его земляков заняли должности в московском Стройкомплексе и, в частности, получили подряды на строительство метро.

В действиях Хуснуллина Марата Шакирзяновича могут содержаться признаки следующих составов преступлений, предусмотренных УК РФ:

— Ст. 210 УК РФ «Организация преступного сообщества (преступной организации) или участие в нем (ней)», то есть участие в деятельности преступного сообщества, созданного с целью насильственного незаконного удержания власти вопреки требованиям Конституции РФ, и систематического совершения других преступлений против власти, правосудия, интересов службы и мира.

— Ст. 285 УК РФ «Злоупотребление должностными полномочиями» то есть использование должностным лицом своих служебных полномочий вопреки интересам службы и с корыстной или иной личной заинтересованностью.

— Ст. 158 УК РФ «Кража», то есть тайное хищение чужого имуществ. Объект хищения — государственная собственность.